経営資源集約化税制とは？ 導入された背景や活用するメリットを解説

経営資源集約化税制とは

経営資源集約化税制は、中小企業が経営資源を効果的に集約し、事業拡大や多角化を進める目的で2021年8月に導入された制度のことです。

「設備投資減税」と「損金算入可能な準備金積立」の2つの主要措置から成り立っており、活用した企業に対し、税額控除などの税制上のメリットを与えています。

設備投資減税では、M&A後に取得した設備の投資額の一部について、税額控除や即時償却が可能です。一方、準備金積立では、M&A実施後に発生する可能性のあるリスクに備えて準備金を積み立て、その金額を損金算入することが認められています。

経営資源集約化税制を活用すれば、税負担を軽減し、経営資源を有効に活用する環境を整えながら、M&Aを通じて成長を促進することが望めます。また、2023年度の税制改正では、適用期間が2年間延長され、さらに多くの企業が活用できるようになりました。

中小企業の経営資源集約を支援するこの制度は、M&Aを活用した中小企業の持続的な成長と競争力の強化を目指しています。

経営資源集約化税制が導入された背景

冒頭で述べたように、経営資源集約化税制は、中小企業の事業拡大や成長促進を目指して定められた制度です。導入の背景には、中小企業が抱える多くの課題があります。

従来、中小企業が事業拡大や事業存続のためにM&Aを検討しても、

• 事業内容や組織風土の変容
• 従業員の流出
• 取引先との関係悪化などのリスク
• 資金不足

などを理由に、実行を躊躇するケースが少なくありませんでした。

また、2020年には新型コロナウイルス感染症の流行により、多くの中小企業が経営難や倒産の危機に直面しました。さらに2025年には、団塊世代が後期高齢者となることで、多数の経営者が引退して労働人口が減り、労働力不足の深刻化が懸念されています。

このように、中小企業の将来を鑑みたとき、経営者不在や労働力不足により事業の存続が困難になる可能性が高いものの、資金力が低いため、積極的にM&Aに踏み切ることができません。

経営資源集約化税制は、経営上の課題を抱える中小企業に解決策を提供し、企業の存続と成長を支援するために導入されました。

当該税制では、経営力向上計画の認定を受けた企業が計画に基づいてM&Aを実施した場合、以下の措置を活用できます。

• 設備投資減税として、一定の設備を取得した際に投資額の10%を税額控除、または全額即時償却できる
• M&A実施後に発生し得るリスクに備えるため、投資額の70%以下までの範囲内で準備金として積み立て、損金算入することも可能

こうした税制上の優遇制度により、中小企業はM&Aを通じて事業の継続と成長を実現しやすくなり、資金面やリスク管理の課題を克服する手段を得られます。

経営資源集約化税制は、中小企業の持続的な成長と競争力の強化を目指す重要な施策として、位置付けられています。

経営資源集約化税制を活用するメリット

次に、経営資源集約化税制を活用した場合のメリットについて解説します。メリットにはさまざまなものがありますが、そのなかでも特に大きいのが、以下の2つです。

• 設備投資の税が控除される
• 損金算入により資金繰り改善につながる

設備投資の税が控除される

経営資源集約化税制の利点の一つは、設備投資に対する税額控除が受けられる点です。

特に、M&A関連の設備投資に対しては、即時償却か取得価格の10%（資本金が3,000万円超〜1億円以下の法人は7%）の税額控除が適用されるため、企業は大幅な税負担の軽減が期待できます。

そのため、この制度を活用すれば、中小企業は資金繰りを改善し、より積極的に設備投資や事業拡大に取り組むことが可能となります。

損金算入により資金繰り改善につながる

損金計上による資金繰りの早期改善も、経営資源集約化税制の大きなメリットの一つです。当該制度では、これまで認められていなかった株式取得のための準備金を損金計上できるため、支払う税金が抑えられます。

結果的に中小企業は資金繰りを迅速に改善し、財務状況を安定させることが期待できます。この税制を活用すれば、企業は新たな成長機会をつかむための資金を確保しやすくなるでしょう。

経営資源集約化税制の措置内容

続いて、経営資源集約化税制の具体的な措置内容について解説します。制度としては、「設備投資減税」と「準備金の積立」の2本立てで構成されています。

• 設備投資減税
• 準備金の積立

設備投資減税

設備投資減税は、M&A後に対象設備を導入した際、設備投資額の10%（資本金3,000万円超の企業は7%）を税額控除または全額即時償却できる制度です。正式名称は「中小企業経営強化税制」といいます。

制度を活用すると、初期投資にかかる税負担が軽減されるため、企業は手元資金を維持しやすくなり、キャッシュフローの悪化を防げます。中小企業は、さらなる成長投資が可能となり、競争力の強化が期待できるでしょう。

準備金の積立

経営資源集約化税制のもう一つの措置が、準備金の積立に対する支援です。

制度を利用すると、M&A後の買収企業の経営を安定させるために、株式取得額のうち最大70%を準備金として積み立て、損金算入することで節税効果を得られます。

準備金は5年間の据置期間を経て、その後5年間で均等に取り崩し、損金として計上する流れです。据置期間内に簿外債務などの発覚や減損処理が生じた場合は、取崩額を益金として計上します。

なお、2024年の法改正では、中堅・中小企業における複数回のM&Aを支援するため、制度がさらに拡充されました。

経営資源集約化税制の要件

ここからは、経営資源集約化税制の要件について解説します。2つの税制に共通する要件と、税制ごとの要件があります。順番に、詳細を確認していきましょう。

• 2つの経営資源集約化税制に共通する要件
• 設備投資減税の適用要件
• 準備金の積立の適用要件

2つの経営資源集約化税制に共通する要件

「設備投資減税」と「準備金の積立」の双方に共通する要件は、以下の2点です。

経営力向上計画の認定を受けた特定事業者等であること

経営資源集約化税制の一つ目の要件は、経営力向上計画の認定を受けた特定事業者等であることです。

経営力向上計画は、人材育成、経営資源管理の向上、設備投資などを通じて企業成長を目指す計画です。経営力向上計画が認定されることで、経営資源集約化税制だけでなく、さまざまな支援制度が利用可能になります。

また、特定事業者とは、従業員数が2,000人以下の法人または個人事業主を指します。協同組合などの組合も対象となりますが、制度によって含まれる範囲が異なるため、事前に必ず中小企業庁のホームページで確認することが必要です。

要件を満たした中小企業は、多様な支援を受けながら、経営の安定と成長を図ることができます。

租税特別措置法で定められた中小企業者等であること

中小企業者等とは、以下の条件を満たす企業のことを指します。

なお、適用条件は細かく設定されているため、自社が該当するかを十分に確認したうえで、申請を行うことが肝要です。

設備投資減税の適用要件

設備投資減税の適用を受けるためには、次の4つの条件を満たさなければなりません。

1. 青色申告書を提出する中小企業者等であること
2. 認定を受けた経営力向上計画に基づく新規設備を取得すること
3. 2025年（令和7年）3月31日までに、新規設備を取得すること
4. 要件を満たす新規設備を取得すること

なお、4つ目の要件に関しては、さらに以下のAからDまでの類型に分けられます。

上記のように、設備の要件は非常に厳格であり、特にB・D類型に関しては「税理士または公認会計士」、C類型では「認定経営革新等支援機関」による事前確認が必要です。

事前確認機関による確認が得られたうえで、経済産業局（経済産業大臣）の確認へ進みます。

準備金の積立の適用要件

準備金積立の適用要件は、以下の2つです。

1. 実施予定のデューデリジェンスの内容を含む事業承継等事前調査を、経営力向上計画に記載すること
2. 取得価額が10億円以下の株式取得によるM&Aであること

なお、準備金として認められる金額は「取得対価の70%まで」と定められており、その範囲内であれば、任意の金額を積み立てることができます。

また、認定時には、実施予定のデューデリジェンスが十分な内容であるかどうかを「事業承継等事前調査チェックシート」を用いながら、確認しなければなりません。

準備金積立の要件を満たし、適用を受けた後で、据置（すえおき）期間の間に下記に該当した場合には、準備金を取り崩します。

【取崩要件】

• 経営力向上計画の認定を取り消された場合（全額）
• 取得した株式を売却等を行うことで所有しなくなった場合（全額または相当分）
• 株式を取得した法人が合併により合併法人に当該株式を移転した場合（全額）
• 取得した株式を発行する法人が解散した場合（全額）
• 取得した株式の帳簿価額を減額した場合（相当分）
• 株式を取得した法人が解散した場合（全額）
• 株式を取得した法人が青色申告書の提出の承認を取り消され、又は取り止めた場合（全額）
• それ以外の場合において準備金を取り崩した場合（相当分）

経営資源集約化税制の申請の流れ

経営資源集約化税制を申請する際の手順は、以下の説明をご参照ください。

• 設備投資減税の申請の流れ
• 準備金の積立の申請の流れ

設備投資減税の申請の流れ

はじめに、設備投資減税の申請について解説します。基本的な流れは、次のとおりです。

1. 導入予定設備が要件を満たしていることを確認者に依頼
2. 確認者から「証明書」または「確認書」が交付される
3. 証明書・確認書を添付して、経営力向上計画を主務大臣に申請
4. 計画書の認定後、主務大臣から計画認定書と計画申請書の写しが交付される
5. 所轄の税務署へ経営力向上計画および計画認定書（いずれも写し）を添付し、税務申告を行う

なお、上述のように設備投資減税は細かな分類がなされており、どの類型に該当するかによって、要件や手続きは異なります。そのため、申請の手続きを行う際は、余裕をもって準備を進めることが大切です。

準備金の積立の申請の流れ

準備金の積立に関して申請する場合は、以下の手順で行います。

1. 経営力向上計画を策定
2. 事業承継等事前調査チェックシートを作成
3. 2のチェックシートを添付し、経営力向上計画を提出
4. 経営力向上計画の認定を受ける
5. 事業承継等の実施および事前調査の内容について報告
6. 確認書の交付を受ける
7. 管轄の税務署で税務申告を行う

ただし、既に株式譲渡を行っているM&Aについては、計画の申請はできません。本制度の対象ではないため、留意が求められます。

経営資源集約化税制に関するポイント

最後に、経営資源集約化税制における要点を解説します。当該税制を活用するためには、注意すべきポイントがいくつかありますが、特に重要なのは以下の3点です。

• 適用期間に制限が設けられている
• 準備金の積立は課税の繰り延べで免税ではない
• 第三者の協力を得る

適用期間に制限が設けられている

一つ目のポイントは、適用期間に制限が設けられていることです。設備投資減税と準備金積立の適用期間はそれぞれ、下記をご覧ください。

また、設備投資減税に向けた新規設備の取得は、2025年3月31日までが期限となっています。一般的に、申請から認定までには30日程度かかるため、経営資源集約化税制の活用を検討している場合は、期限管理に配慮しなければなりません。

適用期間を過ぎると、経営資源集約化税制の適用を受けられなくなるため、M&A手続きと並行して進めることが重要です。

準備金の積立は課税の繰り延べで免税ではない

2つ目のポイントは、準備金の積立を行っても、免税されるわけではない点です。中小企業事業再編投資損失準備金を利用すると、株式取得価額の70%まで、任意の金額を積み立てることができます。

しかし、積立はあくまで課税の繰り延べであり、準備金の積立によって節税や免税が可能になるわけではありません。そのため、積み立てた準備金を取り崩す際には「益金（収益）」として扱われ、課税対象となります。

税金を支払うタイミングを調整するための制度なので、最終的には税金の支払いが必要です。資金の流出を調整し、企業のキャッシュフローを改善する手段として活用すれば、企業経営を安定させる効果があります。

第三者の協力を得る

経営資源集約化税制を利用するには、「経営力向上計画」や「事業承継等事前調査チェックシート」の作成など、数多くの手続きをこなすことが求められます。

これらの手続きは、関係各所との調整やM&Aの実行と同時に進めるため、非常に煩雑で忙しくなることが予想されます。手続きの漏れを防ぎ、期限内に適切に進行させるためには、専門家や第三者の協力を得ることが不可欠です。

まとめ

経営資源集約化税制は、中小企業の成長と安定を支援する重要な施策です。適用には、経営力向上計画の認定や多くの手続きが必要ですが、これにより税負担の軽減や資金繰りの改善が期待できます

ただし、手続きは極めて複雑な作業やプロセスを伴うため、専門家のアドバイスや支援を受けながら、着実に進めていくと良いでしょう。